Непрямий вплив генетичного поліморфізму на дію ліків

З зміненим дією ліків також пов'язаний поліморфізм у генах, що кодують білки, які не є прямою мішенню лікарських речовин і не залучені в їхнє транспортування. Аналіз поліморфізму гена аполіпопротеїну Е (АРОЕ) виявив асоціацію між генотипом АРОЕ і відповіддю на ліки, що знижують рівень ліпідів. Аполіпопротеїн Е (ApoE) відіграє важливу роль у регуляції ліпідного обміну в організмі людини. ApoE, 229-амінокислотний поліпептид, підрозділяється на три основні ізоформи (E2, E3 і E4) відповідно до відмінностей  амінокислот в позиціях 112 і 158. У нормальній популяції, ApoE3 ізоформи є найбільш поширеним, і ApoE2 або E4 часто асоціюється з гіперліпопротеїнемією. Порушений обмін ліпідів в клітинах погіршує регенерацію нервової тканини. Варіант APOE4 служить фактором ризику хвороби Альцгеймера, а також ряду інших захворювань.